Sistem penjaminan mutu internal (SPMI) di Universitas Ahmad Dahlan (UAD) dikoordinasi oleh Badan Penjaminan Mutu (BPM). BPM dalam melakukan pemantauan dan mengevaluasi penjaminan mutu di tingkat Fakultas berkoordinasi dengan Pengendali Sistem Mutu Fakultas (PSMF) dan di tingkat Program Studi berkoordinasi dengan Pengendali Sistem Mutu Prodi (PSMP). BPM juga bertanggung jawab penuh atas terselenggaranya SPMI di UAD, sehingga BPM bertanggungjawab terhadap penyusunan dokumen SPMI sampai melakukan audit mutu internal (AMI).

Pelaksanaan audit oleh BPM ditetapkan sesuai dengan ketentuan waktu yang telah ditetapkan. Manajemen dalam pelaksanaan SPM digunakan sebagai peningkatan mutu secara berkelanjutan yaitu melalui proses implementasi pada setiap standar mutu dengan memperhatikan siklus penetapan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian, dan peningkatan (PPEPP). Dalam proses evaluasi terdapat beberapa hal pengukuran mutu yaitu melalui pengisian kuesioner kepuasan terhadap beberapa standar. Hasil dari pengisian kuesioner terkait kepuasan terhadap beberapa standar dilakukan evaluasi dan dapat dijadikan sebagai acuan rekomendasi dalam pemenuhan standar mutu. Pengukuran kepuasan ini dilakukan oleh Ketua Program Studi (Kaprodi) Biologi setiap 3 bulan sekali atau setiap semester.